Pokud se při šifrování a dešifrování užívají různé klíče, využívá se kryptografie asymetrická. Používá klíče soukromé (privátní) a klíče veřejné. Odesilatel zašifruje zprávu veřejným klíčem příjemce a ten ji dešifruje svým soukromým (privátním) klíčem.

Schéma práce asymetrické kryptografie ukazuje obrázek z prezentace Certifikační autority I.CA.