Metody obou kryptografií nejsou ideální, mají své problémy. Proto vznikly hybridní systémy. Systémy, které při ochraně komunikace používají kombinaci metod symetrické i asymetrické kryptografie.

Princip činnosti takových systémů je v možnosti zaslat partnerovi tajný klíč pomocí asymetrické kryptografie.

Prvý partner vygeneruje tajný klíč, zašifruje ho pomocí veřejného klíče druhého partnera a zašifrovaná data mu pošle. Ten data svým soukromým klíčem dešifruje a získá

tak pro pokračování komunikace společný tajný klíč.

Hybridní systémy se používají například v bezpečnostním systému SSL (Secure Sockets Layer), který je využit

při chráněné komunikaci mezi prohlížečem a serverem