Do kategorie kvalifikovaných certifikátů patří i kvalifikované systémové certifikáty.

Ověřují elektronické značky, které z technologického hlediska jsou stejné jako zaručený elektronický podpis. Elektronická značka se odlišují od zaručeného elektronického podpisu z právního hlediska.

Elektronický podpis je podpisem fyzické osoby, konkrétního člověka. Kdežto elektronickou značkou podpisuje datovou zprávu právnická osoba nebo organizační složka státu.

Můžeme se na ni dívat jako na otisk razítka.

Dokumenty mohou být opatřovány elektronickou značkou automatizovaně bez ověřování obsahu každé označované zprávy. Nejčastěji  se elektronické značky a s nimi spojené kvalifikované systémové certifikáty používají především

v oblasti státní správy.